W 2007 r. Biuro Urządzania Lasu i Geodezji Leśnej wykonało inwentaryzacjaę terenową siedlisk przyrodniczych, rzadkich gatunków roślin i zwierząt na terenie obszarów Natura 2000 wraz z kartowaniem miejsca ich występowania i opisem.
Inwentaryzacja była dokonana w terenie. Obszar Natura 2000 podlegający inwentaryzacji został spenetrowany. Przy penetracji wykorzystywano informacje wynikające z danych literaturowych (z lat 2000-2007), zdjęć lotniczych i satelitarnych, wiedzy ekspertów itp.
Inwentaryzacja przyrodnicza obszarów Natura 2000 była przeprowadzana zarówno przez pracowników Biura Urządzania Lasu i Geodezji Leśnej, jak również przez zatrudnionych przyrodników z zewnątrz.
Poniżej przedstawiono ogólne dane dotyczące poszczególnych kategorii obszarów Natura 2000 objętych inwentaryzacją przyrodniczą, a mianowicie:
- Obszary specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 przekazane do Komisji Europejskiej – opracowaniem objęto 79 obszary o łącznej powierzchni 1443738 ha (tj. 49,4% całkowitej powierzchni obszarów Natura 2000 objętych inwentaryzacją, wynoszącej 2923065,29 ha); na obszarach tych zinwentaryzowano 55 gatunków ptaków (8007 obiektów punktowych oraz 820 obiektów poligonowych o łącznej powierzchni 110044,45 ha);
- Obszary specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 – proponowane – inwentaryzacją objęto 32 obszary o łącznej powierzchni 541200,73 ha (tj. 49,1% całkowitej powierzchni obszarów Natura 2000 objętych inwentaryzacją, wynoszącej 1102129,55 ha); na obszarach tych zinwentaryzowano 44 gatunki ptaków (1740 obiektów punktowych oraz 499 obiektów poligonowych o łącznej powierzchni 33656,00 ha);
- Projektowane obszary specjalnej ochrony siedlisk Natura 2000 – przesłane do Komisji Europejskiej do 31 marca 2007 r. – inwentaryzacją objęto 126 obszary o łącznej powierzchni 531734,37 ha (tj. 52,2% całkowitej powierzchni obszarów Natura 2000 objętych inwentaryzacją, wynoszącej 1017789,75 ha); na obszarach tych zinwentaryzowano 63 rodzaje siedlisk przyrodniczych, 7 gatunków roślin oraz 44 gatunki zwierząt (10343 obiekty punktowe, 729 obiektów liniowych o łącznej długości 490184,93 m oraz 5528 obiektów poligonowych o łącznej powierzchni 173627,99 ha);
- Tzw. potencjalne rządowe obszary siedliskowe – inwentaryzacją objęto 116 obszary o łącznej powierzchni 390761,61 ha (tj. 39,1% całkowitej powierzchni obszarów Natura 2000 objętych inwentaryzacją wynoszącej 999844,40 ha); na obszarach tych zinwentaryzowano 60 rodzajów siedlisk przyrodniczych, 14 gatunków roślin oraz 28 gatunków zwierząt (7900 obiektów punktowych, 877 obiektów liniowych o łącznej długości 914973,58 m oraz 4918 obiektów poligonowych o łącznej powierzchni 100006,41 ha).
W 2008 r. BULiGL wykonało inwentaryzację gatunków ptaków na 17 wybranych obszarach Natura 2000 z tzw. shadow list.
